Oligo
一款专为分子生物学和基因组学研究设计的智能工具
版本 7.10
- TaqMan PCR 引物搜索功能增强：现在可以搜索与已选择的上探针或下探针兼容的 PCR 引物。
版本 7.19
-
新功能：
- 数据库多重引物/探针集支持：允许在数据库中对整个引物/探针集进行多重化。
- 大序列文件分析：如果序列文件超过 250kb，Oligo 会询问需要分析的 250kb 片段。用户可以调整这个阈值，但文件大小超过 1M 时，计算时间会显著增加，不推荐使用。
- 安装程序升级：Oligo 现在可以自动查找可用更新（此功能可以在偏好设置中关闭）。
版本 7.20
-
新功能：
- 数据库中的探针多重化：此前仅支持引物多重化，现在增加了对探针的多重化支持，检查探针的（反向）同源性以确定其自杂交和交叉杂交倾向。
版本 7.21
-
新功能：
- TaqMan 探针搜索：支持与已预选的 PCR 引物一起搜索 TaqMan 探针。
- Mac 版本兼容性：修复了最新 Java 更新导致菜单栏丢失的问题，确保 Mac 版本与最新 Java 兼容。
版本 7.22
-
优化：
- TaqMan 探针搜索优化：提高了搜索效率和准确性。
版本 7.23
-
改进：
- 注册界面更详细：增强了注册屏幕的描述信息。
版本 7.24
-
修复：
- 帮助菜单问题：修复了导致帮助菜单功能不全的 bug。
- Mac 版本窗口无法关闭问题：修复了某些窗口无法关闭的 bug。
版本 7.25 和 7.26
-
修复：
- 修复了一些小 bug：解决了更改某些“文件-打印选项”后程序挂起的问题。
版本 7.27
-
新功能：
- 数据库表格新增列：在数据库集表格中新增了一列，显示 PCR 产物的大小。
版本 7.28
-
新功能：
- 搜索范围对话框新增项：允许仅查找重叠的 PCR 引物。
版本 7.29
-
修复：
- 修复了 v. 7.28 中引入的 TaqMan 探针搜索 bug。
版本 7.30 和 7.31
-
改进：
- TaqMan 探针搜索算法优化：提升了搜索效率和准确性。
版本 7.32
-
更改：
- 默认设置调整：例如，编辑窗口中的自动对齐和杂交探针搜索的 Tm 阈值。
版本 7.33
-
更改：
- 文件识别方法更新：改变了 Oligo 7 文件的识别方式。
版本 7.34
-
改进：
- PCR 引物搜索算法修改：改进了搜索算法，使得更多符合搜索条件的引物被找到。
版本 7.35
-
重写：
- 搜索过程优化：重写了大部分搜索程序，使其与最新系统兼容，并修复了内存泄漏问题。Mac 版本的文件打开界面进行了调整，使其更符合 OS-X 原生风格。
版本 7.36
-
修复和改进：
- 修复了 Mac 版本保存对话框的 bug，并改进了安装程序。
- 数据库完整分析保存：保存数据库的完整分析时，还会保存消光系数。
版本 7.37
-
修复：
- 修复了数据库中的一个小 bug，该 bug 导致某些记录无法修改。
版本 7.38
-
新增和修复：
- 文件菜单中添加“关闭窗口”命令。
- 修复了末端悬挂自由能计算中的 bug。
版本 7.39
-
新增：
- ORF 窗口中 Trp 和 Met 氨基酸的特殊颜色编码。改变 ORF 窗口的颜色编码时，序列窗口中的氨基酸符号也会相应更新。
版本 7.40
-
修复：
- 修复了搜索范围参数中的 bug，该 bug 在选择非重叠产物时会导致 PCR 引物搜索崩溃。
版本 7.41
-
修复：
- 修复了批量搜索中的 bug，该 bug 允许选择带有简并碱基的寡核苷酸。
版本 7.50
-
新增：
- 添加“保存工作”选项。要激活此功能，请在偏好设置面板中更改启动选项。
版本 7.51
-
修复：
- 修复了编辑引物窗口中的 bug，该 bug 在选择新引物时未更新位置编号。
版本 7.52
-
修复和改进：
- 修复了某些末端悬挂自由能计算中的 bug。
- 修复了 Mac 版本编辑数据库窗口中的光标形状问题。
- Windows 版本自动查找 PDF 帮助文件。
- 修复了一个小 bug，该 bug 导致窗口刷新不正确。
版本 7.53
-
修复：
- 修复了 PCR 得分计算中的 bug，该 bug 与某些末端悬挂自由能计算相关。
版本 7.54
-
修复：
- 修复了序列窗口中 GC 含量计算的 bug，该 bug 导致计算的寡核苷酸比显示的短 1 个碱基。
- 修复了数据库编辑窗口中的小 bug，该 bug 有时无法正确更新寡核苷酸。
版本 7.55（仅 Mac）
-
新增：
- 添加了认证窗口，使注册在 Lion (OS 10.7) 上成为可能。
版本 7.56
-
修复：
- 修复了 Java 更新后首次调用引物内部稳定性窗口时为空的问题。
版本 7.57
-
修复：
- 修复了某些情况下 siRNA 搜索挂起的 bug。
版本 7.58
-
修复：
- 修复了 .wrk 文件保存时忽略新编辑引物的 bug，该 bug 发生在打开前一次搜索的引物列表时。
