Oligo软件如何分析序列重复区域 Oligo如何处理重复区域

现在搞生物实验的小伙伴，都离不开各种生物信息学软件，尤其是基因测序，跟DNA序列打交道，随便拿到一段序列都可能有一堆重复的区域，这种重复区域，会影响咱们的引物设计、PCR扩增，还会让你的测序结果不太准确。今天咱们就说说Oligo软件如何分析序列重复区域 Oligo如何处理重复区域。

一、Oligo软件如何分析序列重复区域

平时实验的时候，不能忽略了序列里重复区域的问题，重复序列很容易引物设计失败，扩增也会不顺利。这时候就得靠Oligo软件，分析重复区域很精准，基本上能帮你把重复的地方都找出来。接下来我就带你看一下具体怎么用Oligo分析序列重复区域：

1、把你的序列先导入Oligo软件

你刚拿到序列数据，第一步先放到Oligo里面去。点一下菜单里的File(文件)，然后打开文件，把你的DNA序列数据导进来。一般都是直接复制粘贴进去，或者从txt文件打开，很快就能完成了。

2、找到重复区域分析功能

序列导进去了以后，你会看到一个菜单栏，里面有一个专门分析的功能选项，点击进去，然后选上那个“重复区域分析”或者“Repeat Analysis”的选项，这就差不多成功一半了。

3、设置好分析参数

Oligo软件参数得稍微调一下，比如最小重复长度、允许的错配率。举个例子，你想看序列里至少重复多少个碱基的区域，这些都是能自己定的，设置好之后点确认，软件就开始分析了。

4、查看分析结果

Oligo会把分析好的结果清楚地列给你看，哪个位置重复了多少次，重复的片段长度是多少，一目了然。你还可以直接把这些结果导出来。

二、Oligo如何处理重复区域

序列的重复区域分析完了，怎么处理这些地方呢，现在聊聊Oligo软件到底能怎么帮你搞定这些重复区域的问题：

1、优化引物设计绕开重复区域

Oligo可以帮你在设计引物的时候避开重复区域。可以在设计引物之前，先让Oligo标出序列里的重复区域，然后软件就会自动在那些容易出问题的地方“绕路”，让你设计出来的引物不容易碰到重复区域，PCR扩增就稳当多了。

2、设置重复区域标记提醒

有时候可能会用到很多序列数据，这种情况下，难免会忽略某些序列有重复的问题。不过Oligo还能设置提醒功能，帮你把序列里的重复区域直接标红或者高亮显示，一打开序列就看得到。

3、序列裁剪和去重处理

假如序列里重复的部分特别多，得考虑把这些区域裁掉，或者用别的方法做一下处理。这时候Oligo就能给你提供编辑功能，你直接选中重复区域，把它们去掉或者改动一下就行了，很简单。

4、生成分析报告直接保存

Oligo分析完重复区域以后还支持导出详细的报告，只需要点一下导出，就能把所有的重复区域数据以文档形式保存下来，后续再研究也很方便。

三、Oligo如何精准预测序列的稳定性

说到序列重复区域处理还有一个比较重要的点，就是序列稳定性和精准性的问题。再给大家聊聊用Oligo怎么搞定序列稳定性的问题：

1、Tm值预测和调整

Oligo能帮你算一下序列的Tm值，也就是融解温度，特别是重复区域附近的Tm值差异。如果重复区域的Tm值差太多，可能会影响实验效果。可以根据Oligo的建议稍微调一下序列，或者再重新设计一下引物，来解决这个问题。

2、二级结构预测

刚才提到了二级结构分析功能，这个功能其实对重复区域的分析也很管用。可以看一下重复区域有没有形成复杂的二级结构，比如发卡结构啥的，如果有，你就要考虑修改一下序列位置了。

3、PCR扩增效果预测

再一个就是PCR扩增预测了，重复区域对PCR实验的影响特别明显，Oligo能帮你模拟一下扩增结果，看一下重复区域会不会导致PCR反应效果不好，及时避免问题。

总结

说到这里，咱们关于Oligo软件如何分析序列重复区域 Oligo如何处理重复区域说得差不多了，用好了Oligo软件，这些重复区域根本不是问题。